te contesto rapido y me piro a dormir,... que vaya timada en mega arena...

en la carpeta /usr/src normalmente se guardan las fuentes del kernel ya que hay programas que al compilarlos requieren de esas cabeceras vease los drivers, si no lo pones no pasa nada, ya que la gran mayoria de distros no las incluyen por eso en el manual dice que da = donde las pongas, pero lo suyo es eliminar las antiguas y dejar las nuevas jeje

pues lo dicho buenas noches

las fuentes sio no voy mal son los archivos que usas para compilar el kernel

los headers y cabeceras son lo mismo, se hace con otro comando,


para dejar las fuentes puedes hacer dos cosas, make mrproper && make clean
o eliminas la carpeta y vuelves a extraer los 'sources' (fuentes) del tar.gz/bz2 eso si antes de hacer esto ultimo acuerdate de salvar la config

la carpeta linux (a secas) es  un enlace simbolico a la carpeta /usr/src/linux-xx.xx.xx que es el kernel que estas usando, lo del make mrproper es para limpiar los archoivos que se han creado durante la compilacion y dejar las fuentes 'intactas'